对皮肤癣菌的鉴别和分析，传统的方法是基于菌落的形态学特征，絮状表皮癣菌的培养可在17ｄ内完成。为了缩短检验的时间，提高检验的准确性，基于核苷酸序列的 方法已用来鉴别皮肤癣菌。用内转录间隔区（ＩＴＳ）来鉴别皮肤癣菌以来，这种方法目前已被许多实验室所采用。但近年研究者提出ＩＴＳ序列不能将部分在生态学及流行病学上有差异的菌区别开来，更多的研究者倾向依据ＩＴＳ序列、菌株的形态学和生理学特性、亲人或动物等特性来综合判断。随着分子生物学技术和基因组学的发展，已有报道了新的检测分类方法及与宿主易感性相关的基因。